Пробиотики, содержащиеся в аптечных препаратах, считаются безопасными. Однако специалисты неоднократно высказывали опасения, касающиеся безопасности использования пробиотиков у недоношенных детей и малышей, страдающих заболеваниями иммунной системы.

В целом пробиотики используются как вспомогательное средство при лечении острых инфекционных поносов и при профилактике диареи, возникающей после лечения антибиотиками. Рекомендуется использовать только пробиотические культуры с известным действием (наибольшая эффективность доказана для Lactobacillus rhamnosus и Sacharomyces boulardii) и в строго определенных дозах (6-10 миллиардов бактерий в сутки). Для ребенка также существенным является вид препарата - капсула или порошок, который можно развести в воде или молоке.